上世纪五十年代以来，由于城市北部工业的发展和城市人口的快速增长，大量工业、生活污水直接排入运河，致使运河水质逐步恶化。特别是在开展运河综合整治初期，运河三堡船闸至坝子桥为五类水体，坝子桥至义桥段为劣五类水体。经过“十五”期间艰苦努力，运河水系水质有所改善，运河（杭州段）干流主要污染指标浓度平均值均有下降，全线高锰酸盐指数等多项指标已经基本能达到地表水环境质量的三～四类标准，氮磷等指标也有明显下降，运河水发黑发臭的现象已基本消除。与“九五”相比，“十五”运河（杭州段）干流生化需氧量、高锰酸盐指数、总氮和总磷浓度削减幅度分别达到62.9%、44.7%、62.9%和63.9%，总体情况表明，“十五”期间运河污染上升的趋势得到了遏制，近几年来对运河采取的一系列综合污染防治措施正在发挥积极作用。